SQLAlchemy + Python Mapping. Нужно ли мне сопоставлять каждый столбец из базы данных SQL Server или я могу сопоставлять только те столбцы, которые мне нужны?

Да.

С docs.sqlalchemy.org

Иногда объект «Таблица» становился доступным с помощью процесса отражения, описанного в разделе «Отражение объектов базы данных», для загрузки структуры таблицы из базы данных. Для такой таблицы, содержащей множество столбцов, на которые не нужно ссылаться в приложении, аргументы include_properties или ignore_properties могут указывать, что должно отображаться только подмножество столбцов.

Короткий ответ: Да, можете.

... Для такой таблицы с множеством столбцов на которые не нужно ссылаться в приложении, Аргументы include_properties или ignore_properties могут указывать, что следует сопоставлять только подмножество столбцов...

Подробности читайте в документации SQLAlchemy.

Вам не нужно сопоставлять каждый столбец из вашей базы данных MSSQL в SQLAlchemy. Вы можете сопоставить только те столбцы, которые вам нужны, указав их в своей модели. Он будет взаимодействовать только со столбцами, определенными в вашей модели.